Il publie sa première plaquette de vers à l’âge de dix-sept ans et s’installe peu après à Paris. Il fonde en 1900 une revue éphémère, La Vie, revue d’art, de littérature, de sociologie et d’actualité, à laquelle collaborent autre autres Laurent Tailhade et Félicien Champsaur. Il organise des récitations de poèmes en province et se fait le promoteur du mouvement régionaliste dans le Languedoc et en Provence. Il s'essaie au théâtre. Il publie plusieurs romans et nombre de biographies consacrées à des poètes et écrivains contemporains tels que Pierre Louÿs, Jean Lorrain, François Coppée et Rachilde, dont il fréquente le salon au Mercure de France. Il collabore et contribue des chroniques, des critiques, des poèmes et des nouvelles à la plupart des journaux et des revues de son temps.
Après la Première Guerre mondiale, il cesse d'écrire et dirige successivement plusieurs quotidiens régionaux, dont le dernier, Le Département de l'Indre, continue à paraître sous l'Occupation. Ses deux fils, Jean et François, sont exécutés par la résistance. Le premier, membre de la Milice Française, est incarcéré à Châteauroux au printemps 1944 pour un fait divers. Lors de la première libération de la ville le 21 août 1944, il est fusillé par un groupe franc de l'Armée Secrète au sein même de la prison. Le deuxième, qui a travaillé dans l'Office de Placement allemand ouvert à Châteauroux puis pour le compte de l'entreprise Favre en relation avec l'I.G. Farben Industrie, se réfugie au moment du débarquement dans un hameau au nord du département de l'Indre. Reconnu, il est arrêté par des maquisards et passé par les armes vers la mi-juin 1944. Son corps n'est retrouvé qu'un mois plus tard .
Ernest Gaubert fuit Châteauroux peu après le 15 août 1944 et entre dans la clandestinité jusqu'à son décès. Il est en effet activement recherché par les nouvelles autorités républicaines dans le cadre de la répression des faits de collaboration. Très affecté par le décès de ses deux fils, souffrant d'une grave maladie cardiaque, Ernest Gaubert s'éteint à Paris dans les premiers jours de l'année 1945. Simone Gaubert, fille d'Ernest, a rédigé en 2011 un article consacré à sa mère, l'écrivaine Jeanne Broussan-Gaubert, texte qui renferme de nombreux éléments biographiques sur la famille Gaubert .
